Les premiers résultats d’analyse moléculaire concernent des parcelles en noyers.
Un dispositif expérimental dans des parcelles « agriculteur »
L’échantillonnage de parcelles d’agriculteurs analysées porte sur plusieurs modalités avec chaque fois quatre répétitions :
Des parcelles de noyers en conventionnel (engrais chimique et traitements) sans couvert végétal
Des parcelles de noyers en conventionnel avec couvert végétal (féverole en couvert principal)
Des parcelles de noyers en AB sans couvert végétal
Des parcelles de noyers en AB avec couvert végétal
Des parcelles associant noyer et maïs en inter-rang (agro-foresterie)
Des parcelles de maïs en semis direct sous couvert de légumineuses avec ou sans traitement fongique des semences (impact des traitements de semence sur les mycorhizes)
Les premiers résultats d’analyse moléculaire concernent les parcelles en noyers selon les différentes modalités, les mesures sur les parcelles en maïs étant encore en cours d’analyse.
Prélèvement : Les chercheurs ont prélevé des racines de noyer et des racines de la couverture végétale (implantée ou spontanée) ainsi que le sol rhizosphérique qui entoure la racine. Au total 238 échantillons ont été analysés.
Grâce à la puissance des techniques de séquençage haut débit disponibles aujourd’hui, l’équipe de l’INRA de Dijon a pu ainsi isoler et amplifier l’ADN des racines des cultures (noyer et maïs) et des couverts (dédiés ou spontanés) pour déterminer les différentes espèces de champignons mycorhiziens présentes. Les espèces ou les groupes taxonomiques révélés sont désignés par des « OTU (Unité Taxonomique Opérationnelle) », dont les individus sont phylogénétiquement proches. Leurs séquences d’ADN présentent au minimum 97% d’homologie.
Premier constat : Une diversité de champignons endomycorhiziens insoupçonnée!
Au niveau de l’ensemble des modalités, 543 OTU différentes ont été identifiées avec 265 OTU retrouvées sur toutes les modalités et malgré des caractéristiques de sol assez hétérogènes qui laissent supposer qu’elles sont assez universelles. Ce chiffre dépasse largement les 200 à 250 espèces de CMA qu’il est possible de différencier par observation directe au microscope. Cette discrimination exhaustive est permise grâce aux techniques de séquençage ADN. Avec 43% des espèces, le genre Glomus est le plus représenté.
Certaines espèces de champignons sont dominantes tandis que d’autres se retrouvent en proportion plus faible (segments de longueur différente sur le graphique), mais toutes ont un rôle à jouer dans la nutrition des plantes. Par exemple, selon les groupes de CMA, les flux de nutriments échangés entre plante et champignon peuvent être plus ou moins intensifs, ce qui va conditionner la production de biomasse végétale. Au-delà de l’impact sur l’apport de nutriments, l’évolution des communautés fongiques dans les sols est étroitement liée à des phénomènes de compétition pour les ressources entre espèces de champignons, les mycorhiziens pouvant prendre la place de certains pathogènes.
Diagramme de Venn illustrant la diversité des champignons mycorhiziens du noyer (RAN) et du couvert (RAC). Les modalités sont celles de la campagne de 2017 : M1 Noyer conventionnel, M2 Noyer AB et M3 Noyer avec couverts végétaux. RAC1 et RAC2 correspondent donc à la flore spontanée en inter-rang.
Les premiers résultats obtenus par les chercheurs de l’UMR Agroécologie de Dijon via une analyse comparative des communautés montre que la présence d’une communauté « cœur » de champignons mycorhiziens malgré des caractéristiques physico-chimiques parfois très hétérogènes et des modes de gestion différentes entre les parcelles. Ce « cœur » est constitué de 265 groupes taxonomiques (sur un total de 543 identifiés) regroupés en 12 genres. Par ailleurs, 59 de ces groupes ne sont pas retrouvés en l’absence de couvert.
Ainsi il semble qu’il existe une communauté mycorhizienne assez solide et récalcitrantes qui arrive à survivre quelques soient les conditions mais la présence d’un couvert favorise une plus forte diversité des CMAs.
