On considère que c’est en 1885 que les mycorhizes sont découvertes par Albert Frank, biologiste allemand sollicité par le ministère de l’agriculture de la Prusse pour découvrir l’origine des truffes, et qui a synthétisé les observations d’autres biologistes de l’époque. C’est lui qui les nomme Mycorhizes, du grec Mukes, champignon, et Rhiza, racine. Ce sont donc les ectomycorhizes (que constituent les truffes) qui furent découvertes en premier. Les endomycorhizes furent découvertes entre 1896 et 1900 par le mycologue français Pierre-Augustin Dangeard alors qu’il étudiait l’origine d’un dépérissement des peupliers à Poitiers, pour l’Administration forestière.
De nombreux travaux sortent au début des années 1900 sur la description des structures mycorhiziennes, mais leur rôle est encore flou, négligé malgré les travaux de Frank, voir pensé à tort comme du parasitisme jusqu’en 1950. L’utilisation de l’Arabidopsis des Dames, Arabidopsis Thaliana, comme plante modèle pour la recherche n’aide pas à la reconnaissance de leur rôle car, étant une Brassicacée, elle n’est pas mycorhizée. C’est avec l’avènement des techniques de biologie moléculaire, que la recherche a pu vraiment avancer à partir des années 1980.
Aujourd’hui, le fonctionnement des mycorhizes est un sujet très étudié dans le monde. La communauté scientifique se réunit autour de cette question à travers l’International Mycorrhiza Society (Société Internationale sur les Mycorhizes, (site disponible ici [insérer lien])), dont le but est de faciliter les échanges de connaissances et de techniques entre scientifiques, exploitants agricoles, forestiers et industries impliquées dans les nombreux domaines de recherche appliquée liés aux symbioses mycorhiziennes.
Depuis 1996, l’IMS organise une conférence internationale (ICOM) tous les deux à trois ans, et dont la localisation change à chaque édition.
Y participent des physiologistes, des généticiens, des taxonomistes des écologues, des producteurs d’inocula et des gestionnaires des terres.